El final de la vida de Houdini se produjo en extrañas circunstancias. Ello, unido a su reciente lucha contra lo paranormal y un extraño reto que había planteado para después de su muerte convirtieron el hecho de su muerte en algo tan interesante y misterioso como otros aspectos de su propia vida.
Un día de octubre de 1926 unos estudiantes universitarios se dirigieron a Houdini mientras descansaba tras haber terminado uno de sus espectáculos. Uno de ellos le retó a recibir unos cuantos golpes en el abdomen, para comprobar si su resistencia física era tan legendaria como se decía. El mago aceptó sin miedo. Sin embargo, antes de que pudiera prepararse adecuadamente, recibió un primer puñetazo muy fuerte de un pelirrojo llamado William Lances, el cual era la estrella de boxeo de la universidad y del que apenas se tienen datos; a éste primer golpe siguieron varios más. El mito dice que si bien Houdini aguantó el envite como un buen actor, estos golpes le generaron una rotura de apéndice que ya estaba inflamado, pero esto no está comprobado pues no se sabe si recibir una serie de puñetazos en el estómago puede romper un apéndice, por lo que también se ha de aceptar la posibilidad de que simplemente recibiera los golpes y en los siguientes días su apendicitis se transformara en peritonitis.
Por su carácter Houdini quiso seguir trabajando durante los días siguientes a pesar de padecer fuertes dolores y fiebre. Finalmente sufrió dos desmayos en una actuación y fue hospitalizado. Tras varios días luchando contra la enfermedad, pareció rendirse ante lo inevitable
En la madrugada del 31 de octubre de 1926, Houdini fallecía a sus 52 años. Los médicos emitieron un informe en el que indicaban una peritonitis como causa de la muerte. Su apéndice tal vez llevaba días inflamado antes del incidente con los estudiantes.
El entierro se realizó a los pocos días. Una multitud de dos mil personas acudió al evento, algo tan multitudinario como algunos de sus números callejeros.